La investigación del CRFB se organiza por proyectos propios o en alianza con universidades, centros de investigación o investigadores individuales. Los proyectos de investigación se basan en dos líneas:
Memoria Viva, con el objetivo de crear series de entrevistas grabadas en audio o vídeo que registren el testimonio de personas sobre acontecimientos, coyunturas y prácticas relacionadas al fútbol u otro tema que interese, oportunamente, al Museo del Fútbol. Esa línea de investigación utiliza la metodología de Historia Oral.
En la Red, con el objetivo de identificar, sobre todo desde investigación de campo, locales, personajes, colecciones, eventos y prácticas relacionadas al fútbol contemporáneo. Esa línea de investigación utiliza prioritariamente, pero no exclusivamente, la Etnografía como método.
