El IDBrasil Cultura, Educação e Esporte es la Organización Social de Cultura que hace la gestión del Museo del Fútbol desde su inauguración, en septiembre de 2008, y del Museo del Idioma Portugués, desde julio de 2012. Antiguo Instituto del Arte del Fútbol Brasileño – IFB, es una entidad privada sin ánimo de lucro que presta servicio público de interés de la comunidad. La gestión de los museos es realizada por medio de un Contrato de Gestión firmado junto a la Secretaría de Cultura del Estado de São Paulo, con Planes de Trabajo aditados anualmente. Se trata de un modelo de gestión de equipos culturales vigente en el Estado de São Paulo desde 2005 y que ha mostrado resultados positivos. Además de garantizar la calidad en el servicio al público, las organizaciones sociales vienen oxigenando las acciones del Estado en el área de la cultura y garantizan una exitosa alianza entre poder público y sociedad civil organizada.
El IDBrasil administra el Museo del Fútbol siguiendo las directrices establecidas por la Secretaría de Estado de la Cultura. Para tanto, somete al órgano estadual las acciones referentes a la programación, acervo, actividades de investigación y educación, gestión de gastos, objetos y excedentes financieros generados a lo largo de su ejecución. La OS tiene la función de mantener los equipos y los instrumentos necesarios para la realización de los servicios contratados, así como la integridad física de la edificación ocupada por el Museo. También se compromete en generar acciones y contenidos coherentes con las especificaciones de la institución que administra, los divulga buscando alcanzar al mayor número posible de personas.
El presupuesto anual del Museo del Fútbol está compuesto por recursos de la Secretaría de Cultura e ingresos captados por el IDBrasil, como venta de entradas, locaciones de espacios, patrocinios y permutas, esenciales para la sustentabilidad financiera de la institución y para la diversificación de la programación cultural del Museo.
El IDBrasil es administrado por una Asamblea de Asociados Fundadores, un Consejo de Administración, Consejo Fiscal y Consejo Consultivo, además de una Dirección Directiva y una Dirección Administrativa y Financiera.