O IDBrasil Cultura, Educação e Esporte é a Organização Social de Cultura que faz a gestão do Museu do Futebol desde sua inauguração, em setembro de 2008 e do Museu da Língua Portuguesa desde julho de 2012. Antigo Instituto da Arte do Futebol Brasileiro – IFB, é uma entidade privada sem fins lucrativos que presta serviço público de interesse da comunidade. A gestão dos museus é realizada por meio de um Contrato de Gestão firmado junto à Secretaria da Cultura, Economia e Indústria Criativas do Estado de São Paulo, com Planos de Trabalho aditados anualmente. Trata-se de um modelo de gestão de equipamentos culturais vigente no Estado de São Paulo desde 2005 e que tem mostrado resultados positivos. Além de garantir a qualidade no atendimento ao público, as organizações sociais de cultura vêm oxigenando as ações do Estado na área cultural e garantindo uma bem-sucedida parceria entre poder público e sociedade civil organizada.
O IDBrasil administra o Museu do Futebol seguindo as diretrizes estabelecidas pela Secretaria da Cultura, Economia e Indústria Criativas. Para tanto, submete ao órgão estadual as ações referentes à programação, acervo, atividades de pesquisa e educação, gestão de despesas, bens e excedentes financeiros gerados ao longo de sua execução.. A OS tem a função de manter os equipamentos e os instrumentos necessários para a realização dos serviços contratados, bem como a integridade física da edificação ocupada pelo Museu. Também compromete-se em gerar ações e conteúdos coerentes com as especificações da instituição que administra, divulgando-os, buscando alcançar o maior número possível de pessoas.
O orçamento anual do Museu do Futebol é composto por recursos da Secretaria da Cultura, Economia e Indústria Criativas e receitas captadas pelo IDBrasil, como venda de ingressos, locações de espaços, patrocínios e permutas, essenciais para a sustentabilidade financeira da instituição e para a diversificação da programação cultural do Museu.
O IDBrasil é gerido por uma Assembleia de Associados Fundadores, um Conselho de Administração, Conselho Fiscal e Conselho Consultivo, além de uma Diretoria Executiva e uma Diretoria Administrativa e Financeira.