A pesquisa do CRFB organiza-se por projetos próprios ou em parceria com universidades, centros de pesquisa ou pesquisadores individuais. Os projetos de pesquisa baseiam-se em duas linhas:
Memória Viva, com o objetivo de criar séries de entrevistas gravadas em áudio e/ou vídeo, que registrem o testemunho de pessoas sobre acontecimentos, conjunturas e práticas relacionadas ao futebol ou outro tema que interesse, oportunamente, ao Museu do Futebol. Essa linha de pesquisa utiliza a metodologia de História Oral.
Na Rede, com o objetivo de identificar, sobretudo a partir de pesquisa de campo, locais, personagens, coleções, eventos e práticas relacionadas ao futebol contemporâneo. Essa linha de pesquisa utiliza prioritariamente, mas não exclusivamente, a Etnografia como método.
